Il fut commis dans le cadre d'une guerre civile opposant le gouvernement rwandais, qui s'était autoproclamé Hutu Power avant le génocide, et le Front patriotique rwandais (FPR), accusé par les autorités d'être essentiellement « tutsi ». Le 1er octobre 1990, des Rwandais exilés et regroupés au sein du FPR décidèrent de revenir au pays à partir de l'Ouganda et de prendre le pouvoir par les armes. En réponse, les autorités rwandaises menèrent une double stratégie : se défendre avec l'armée contre l'agression militaire du FPR et « liquider » tous les Tutsi de l'intérieur du Rwanda.

Les autorités rwandaises perdirent la guerre civile au profit du FPR et par contre atteignirent leur objectif génocidaire contre les Tutsi.

L'ONU estime que quelque 800 000 Rwandais, en majorité Tutsi, ont trouvé la mort durant ces trois mois. Ceux qui parmi les Hutu se sont montrés solidaires des Tutsi ont été tués comme traîtres à la cause hutu. D'une durée de cent jours, ce fut le génocide le plus rapide de l'histoire et celui de plus grande ampleur en termes de nombre de morts par jour.

Mais il convient de souligner qu'un génocide n'est pas qualifié comme tel en raison du nombre de morts, mais sur une analyse juridique de critères définis à l'époque par la Convention pour la prévention et la répression du crime de génocide du 9 décembre 1948 de l'ONU. Cette convention définit qu'un génocide est commis dans l'intention de détruire, tout ou en partie, un groupe national, ethnique, racial ou religieux comme tel.

La discrimination rwandaise entre Hutu et Tutsi, qui a atteint un point culminant en 1994, s'est construite dans un processus historique complexe entre la réalité de la population du Rwanda et la façon dont les colonisateurs, d'une part, et les divers Rwandais, d'autre part, l'ont perçue et expliquée. Dans cette Histoire du Rwanda, se sont surajoutés de façon déterminante les avantages politiques successifs que ces divers acteurs ont cru pouvoir tirer de cette discrimination, de 1894, (date des premiers contacts entre des Européens et le roi issu des Tutsi du Rwanda) à 1962, (date de l'indépendance du Rwanda), puis jusqu'en 1994, période dominée par des Républiques dites hutu.



Le 6 avril 1994, le président du Rwanda Juvénal Habyarimana est assassiné. Alors qu'il s'apprêtait à atterrir à Kigali, son avion est la cible de tirs et s'écrase. Il n'y a aucun survivant. L'avion transportait aussi le président burundais Cyprien Ntaryamira. Aucune enquête internationale n'a permis d'identifier les auteurs de cet attentat. Les deux principales hypothèses soupçonnent l'une le Hutu Power et l'autre le FPR, avec d'éventuels soutiens internationaux.

Pendant la nuit du 6 avril, l'attentat fut l'élément déclencheur du génocide réalisé par le Hutu Power. Sur les ondes de la Radio des Mille Collines, radio de propagande de l'Akazu, le signal du début du génocide fut, dit-on, la phrase entendue depuis quelques jours : « Abattez les grands arbres ».



Les massacres des opposants hutu dans les premières heures, puis de milliers de Tutsi commencèrent aussitôt et simultanément dans une grande partie du Rwanda, à l'exception notoire de la région de Butare dans le sud.

Le 7 avril 1994, la première ministre Agathe Uwilingiyimana fut assassinée le matin, puis les dix Para-Commando's belges, du 2e bataillon commando, qui avaient pour mission de la protéger, furent à leur tour assassinés dans le camp militaire des Forces armées rwandaises (FAR), où ils avaient été emmenés. Les corps n'ont été retrouvés que le lendemain. Ce commando était aussi composé de cinq casques bleus ghanéens qui furent aussi capturés avec les Belges, mais furent relâchés.



Un gouvernement intérimaire fut constitué en quelques jours sous la houlette du colonel Bagosora qui se révéla rapidement être l'homme fort du régime après la disparition du Président Juvénal Habyarimana.

Dès le 8 avril 1994 la France, par l'opération Amaryllis, puis la Belgique, par l'opération Silver Back et l'Italie évacuèrent leurs ressortissants et ceux d'autres pays occidentaux. Un convoi de ressortissants américains était parti dans les heures qui suivirent l'attentat vers le Burundi, où les attendaient des forces américaines en stationnement.




Pendant trois mois, la Radio Télévision Libre des Mille Collines encourage et guide jour après jour, heure par heure le génocide, dénonçant les Tutsi encore vivants à tel ou tel endroit. Les milices Interahamwe (issue du MRND, le parti présidentiel) et Impuzamugambi (issue de la Coalition pour la Défense de la République, organisation extrémiste composée de durs du régime Habyarimana), exécutent ce qu'elles appellent « le travail », parfois assistées par les FAR. Le « travail » consiste pour les extrémistes hutu à massacrer à travers tout le pays les Tutsi, ainsi que certains Hutu modérés réputés hostiles à ce projet et considérés comme des « traîtres ». La population utilise essentiellement des machettes, des houes et des gourdins cloutés.



Des barrières sont montées sur toutes les routes du Rwanda pour arrêter les fuyards qui sont massacrés sur place. Généralement les autorités locales, parfois sous la pression de hiérarchies parallèles organisées par les préfets, prétextent la mise en sécurité des Tutsi pour les regrouper dans des lieux publics comme les stades, les bâtiments communaux, les écoles et les églises. Ensuite des groupes de miliciens achèvent les personnes, parfois précédés par les FAR qui commencent « le travail » avec des armements adaptés, des grenades notamment. Enfin les maisons de Tutsi sont systématiquement visitées par les miliciens pour sortir ceux qui s'y cachent et les massacrer.



Les massacres atteindront des sommets dans l'horreur. L'ampleur du massacre (en trois mois, 1 million de personnes sont tuées selon les autorités rwandaises après recensement, 800 000 selon l'ONU et l'OUA), sa cruauté (des femmes enceintes sont éventrées pour tuer les fœtus, la violence sexuelle est fréquemment employée, des tueries ont lieu au sein de familles mixtes, le sadisme se manifeste dans de nombreux cas) et le nombre d'exécutants en font un des évènements les plus atroces du XXe siècle.

Des militaires des Forces armées rwandaises tentèrent de s'opposer au génocide le 12 avril 1994. Ils échouèrent. À Butare, le seul préfet tutsi du Rwanda essaye de lutter contre le développement du génocide dans sa région. Il est destitué le 17 avril 1994. Le génocide démarre vraiment ensuite. Le 19 avril 1994 le Président du Gouvernement intérimaire vient sur place soutenir les autorités locales et la population par un appel « au travail ».



Dans la région de Kibuye, dans le massif montagneux de Bisesero, lieu réputé pour leur résistance à d'autres périodes, des Tutsi se sont regroupés et ont tenté de résister aux autorités locales et aux miliciens en se battant avec des armes qu'ils leur prenaient. 65 000 Tutsi y sont enterrés dans un mémorial. 800 survivants ont été dénombrés par les soldats de l'opération Turquoise.

Le 30 avril 1994, le bureau politique du Front patriotique rwandais publie un communiqué selon lequel le génocide est presque terminé. Il « appelle le Conseil de sécurité des Nations unies à ne pas autoriser le déploiement de la force proposée, parce que l'intervention des Nations unies à ce stade ne peut plus servir un quelconque but en ce qui concerne l'arrêt des massacres ». Les massacres ne cesseront complètement que courant juillet, mais on estime que 80 % des massacres étaient accomplis à la mi-mai. Le médecin allemand Wolgang Blam qui se trouvait à Kibuye dans une région où les Tutsi étaient très nombreux (20 % de la population) et où les massacres durèrent jusqu'en juillet, témoigne dans un document qu'à partir du 16 mai 1994 les autorités locales ont normalisé la situation en ouvrant les services publics, les banques, les transports, etc. L'essentiel des massacres était alors accompli.



Cette observation du Docteur Blam se retrouve à l'échelon national. Il raconte d'ailleurs que des membres du gouvernement intérimaire se sont déplacés le 8 et le 16 mai à Kibuye pour lancer cette normalisation. À la mi-mai, Alison Des Forges signale qu'il y eût débat sur la nécessité de massacrer les femmes et les enfants épargnés jusque là dans certaines régions et que le débat fut tranché par leur extermination effective.

Mais la guerre civile évoluait en faveur du FPR et c'est à ce moment que la France perça le mur de la qualification du génocide au plan diplomatique, dans la perspective d'une intervention.



La plupart des rescapés trouveront refuge dans les régions du nord-est du Rwanda, là où le FPR avance rapidement au début du génocide. Quelques rescapés réussiront à se cacher dans des marais ou des zones forestières. Les autres rescapés seront sauvés par des Hutu qui prendront le risque de les cacher, jusqu'à ce que le FPR arrive. La zone protégée par l'Opération Turquoise, à l'ouest du Rwanda sera la dernière zone investie par le FPR et celle où les massacres continueront le plus longtemps, les français ayant comme la Minuar l'ordre de « rester neutre entre les factions rwandaises ». Les Français sauvèrent toutefois 8 000 rescapés du stade de Nyarushishi au sud-ouest du Rwanda et 800 autres à Bisesero, ainsi que des groupes isolés au gré des circonstances.



Le génocide constitue en outre un désastre économique avec les destructions de biens (notamment les troupeaux) et les pillages. Dans la volonté d'anéantir jusqu'au souvenir des Tutsi on détruisit aussi très souvent leurs maisons et leurs jardins, sans chercher à les utiliser autrement qu'en récupérant leurs matériaux.


Le 14 juillet 1994, le FPR gagne la guerre et, dès le lendemain, les États-Unis ne reconnaissent plus l'ancien gouvernement rwandais. Le 17, les soldats du FPR s'emparent de Gisenyi, la dernière ville aux mains des Forces Armées Rwandaises, marquant ainsi la fin d'un génocide qui causa la mort d'un million de personnes. Dans la même journée, le pasteur Bizimungu est nommé président de la république du Rwanda, où un gouvernement d'union nationale est formé, composé de Tutsi et de Hutu.




Pendant ce temps, la vie des 1.2 millions de réfugiés Hutus au Zaïre se fait plus dure, le choléra s'y déclarant.
Vers la fin juillet, l'ONU forme une commission d'enquête dans le but de retrouver les responsables du génocide, puis des militaires américains arrivent à Kigali pour venir en aide au nouveau gouvernement.

En conclusion, on peut bien s'interroger sur l'origine de cette haine entre deux ethnies. Peut-être, par contre, s'agit-il d'un retour du balancier, puisque entre 1959 et 1963 des milliers de tutsis ont été tués par les hutus alors que des milliers d'autre fuyaient dans les régions voisines. Ceux qui autrefois avaient régné sur le Rwanda avaient été chassés par les Hutu lors de la proclamation de la république Rwandaise, cherchaient-ils la justice ou le retour au pouvoir?

Le 8 novembre 1994, dix-huit mois après la création du Tribunal international pour l'ex- Yougoslavie, le Conseil de sécurité de l’ONU adoptait la résolution 995 établissant un Tribunal pénal international pour le Rwanda. Par cette résolution, il charge un tribunal de juger les personnes présumées responsables d'actes de génocides et d'autres violations graves du droit humanitaire commis sur le territoire du Rwanda ainsi que les citoyens rwandais présumés responsables de tels actes ou violations commis sur le territoire d'Etats voisins". Mais, 16 ans plus tard qui a vraiment été jugé ?